西安交通大学学报（医学版）影响因子据2018年5月21日中国知网显示，《西安交通大学学报（医学版）》总被下载635349次、总被引28910次；（2017版）复合影响因子为1.031、（2017版）综合影响因子为0.818
据2018年5月21日万方数据知识服务平台显示，《西安交通大学学报（医学版）》被引量为17814次、下载量为183773次；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《西安交通大学学报（医学版）》影响因子为1.14，在全部统计源期刊（6735种）中排第774名，在大学学报（医药卫生）（114种）中排第18名
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