水稻基因组计划功能基因组大量微生物和模式生物的基因组全序列测序完成，如线虫（Caenorhabditiselegans）、酿酒酵母（Saccharomycescerevisiae）、拟南芥（Arabidopsisthaliana）、果蝇（Drosophilamelanogaster）和水稻（Oryzasativa）等
完成基因组测序仅仅是基因组计划的第一步，更大的挑战在于弄清：⑴基因组顺序中所包含的全部遗传信息是什么
⑵基因组作为一个整体如何行使其功能
也即“后基因组计划”，又称为功能基因组学
水稻的基因总数有可能在5万～6万个左右，至今已报道的功能基因只有20%
随着被克隆基因的日益增多，对基因功能的研究显得日益迫切
一系列研究基因功能的方法涌现，如基因转导技术、基因敲除技术、基因嵌入技术及突变体库筛选和全基因组表达分析
可以不同规模地鉴定出各类参与细胞新陈代谢、转录、信号转导、运输和植物防御等功能基因
数以十万计的基因及其编码的蛋白质可供基因工程和蛋白质工程的操作，从而大大扩展生物技术的产业范围
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