水稻基因组计划比较研究禾谷类之间的广泛共线性，加之相应的遗传图和物理图，可以将某作物的共线性区域的标记作为相关作物进行精细定位和鉴定候选基因

水稻的小基因组为其他禾谷类基因组研究提供了基础，包括鉴定高效直系基因、调控区域、基因功能和便利其他禾谷类基因组的测序，往往作为模式作物

Goff等报道几乎每个禾谷类蛋白质与水稻都有一个相关基因，80%～90%禾谷类基因与水稻有同源性

禾谷类作物中大部分基因是保守的，它们的表型差异是由于少数不同基因或相似基因的功能差异引起的

通过基因组列线比较，有利于鉴定其他禾谷类定位的性状与水稻相关的基因

约2000个禾谷类QTL被定位和列线在基因组图谱上

例如，许多玉米QTL与水稻第1染色体的顶端相关

玉米染色体1、2和7与这些区域同一列线

如在玉米的第1染色体上影响产量的一个QTL，与水稻第3染色体具有共线区域，该区域含220个预测基因和120多个水稻SSRs

利用这些基因，通过同源性鉴定了玉米的约100个未定位的cDNA，因此，它们是影响产量的候选基因

水稻基因组中鉴别到生物合成酶、信号转导蛋白质、发育调控子和特殊转运子，已列线到水稻物理图和遗传图，也被锚到异源的禾谷类图谱上

绘制整个禾谷类列线图能够获得大部分已定位的禾谷类QTL和取舍相关性状的候选基因

水稻基因组的成功测序为禾谷类作物基因组研究提供了一个基础

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