吉林大学学报（医学版）影响因子根据中国科学技术信息研究所2009年版《中国科技期刊引证报告（核心版）》收录的1868种中国科技论文统计源期刊的统计报告，2008年《吉林大学学报（医学版）》总被引频次为934、影响因子0.400、被引半衰期4.58（即年指标0.018）、他引率0.88、引用刊数33、扩散因子3.53、权威因子333.69、学科扩散指标0.67、学科影响指标0.57、文献选出率0.64、参考文献量2776、平均引文数9.91，在49种医科大学学报类期刊中总被引频次排第7名，影响因子排第9名

 据2019年2月22日中国知网显示，《吉林大学学报（医学版）》总被下载1125003次、总被引46662次、（2018版）复合影响因子为0.978、（2018版）综合影响因子为0.775

 据2019年2月22日万方数据知识服务平台显示，《吉林大学学报（医学版）》被引量为19161、下载量为102115；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）来源数据显示，该刊影响因子为0.90，在全部统计源期刊（6735种）中排第1245名，在大学学报（医药卫生）（114种）中排第38名

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