北京协和医学院的双一流学科有生物学、生物医学工程、临床医学、公共卫生与预防医学、药学等5个。
截至2015年3月，首都医科大学拥有8个国家重点学科，2个国家重点（培育）学科，56个国家临床重点学科，4个北京市一级重点学科，6个北京市二级重点学科，2个北京市一级重点建设学科，6个北京市二级重点建设学科。
北京协和医学院（Peking Union Medical College）的前身是美英基督教教会于1906年共同创办的协和医学堂。1912年，改称协和医学校。1917年，成立北京协和医学院。1919年，改名北京协和医科大学。1929年，更名私立北平协和医学院。1951年1月，学校由中央人民政府教育部和卫生部接管，且改名为中国协和医学院。历经传承与发展，学校先后更名为中国医科大学、中国首都医科大学和中国协和医科大学。2006年定名北京协和医学院。
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