焦念志荣誉表彰时间荣誉表彰1994年中国青年科技奖1995年中国科学院“青年科学家奖”1995年国务院“政府特殊津贴”1998年日本科技厅STA 奖1998年第8届国际微生物生态学大会（加拿大）青年学者奖2002年国家海洋局“创新成果奖”2004年国家环保总局“环境科学技术奖”2005年福建省“科技进步奖”2005年国家海洋局“创新成果奖”2007年厦门市科学技术重大贡献奖2009年卢嘉锡优秀导师奖2009年福建省杰出科技人才奖2010年福建省五一劳动奖章2013年何梁何利基金科学与技术进步奖2017年全国创新争先奖 2021年被中央统战部和各民主党派中央、全国工商联列入“各民主党派、工商联、无党派人士为全面建成小康社会作贡献先进个人”拟表彰公示名单
2022年南强杰出贡献奖
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