施一公荣誉表彰2008年获国家杰出青年科学基金资助，2013年5月入选欧洲分子生物学组织（EMBO）外籍成员，2013年先后当选为美国艺术与科学学院院士、美国国家科学院外籍院士、中国科学院院士

 曾获舍尔学者基金会颁发的舍尔学者奖（Searle Scholar）、雷拓爱伦基金会颁发的雷拓爱伦学者奖（Rita Allen Scholar）

 2003年，“鄂文西格青年科学家奖”（The Irving Sigal Young Investigator Award）

 2010年，国际赛克勒生物物理学奖（The Raymond & Beverly Sackler International Prize in Biophysics）

 2010年，香港求是基金会杰出科学家奖

 2010年，谈家祯生命科学终身成就奖

 2014年，瑞典皇家科学院爱明诺夫奖（Gregori Aminoff Prize）

 2014年，“吴阶平-保罗•杨森医学药学奖”

 2015年12月，被授予2015年《自然》杰出导师奖

 2016年3月，获“影响世界华人大奖”

  2016年10月，荣获何梁何利基金最高奖项“科学与技术成就奖”

 2017年，获颁澳门科技大学荣誉理学博士学位

 2017年5月，获全国创新争先奖章

 2017年9月，荣获“未来科学大奖-生命科学奖”，并获得获得100万美元奖金，以表彰他在解析真核信使RNA剪接体这一关键复合物的结构，揭示活性部位及分子层面机理的重大贡献  

2017年12月，入选“2017年度中国留学人员50人榜单”

 2018年12月，入选“中国改革开放海归40年40人”榜单

 2019年12月，入选“中国海归70年70人”榜单

 2020年8月，获得2020年度陈嘉庚科学奖之生命科学奖（获奖项目：剪接体的结构与分子机理研究）

 2020年，施一公、赵仁滨夫妇以20亿元人民币财富位列《2020衡昌烧坊·胡润百富榜》第2303位

 2020年12月，位列《2020中国品牌人物500强》第100位

 2021年12月，由品牌联盟(Topbrand Union)发布《2021中国品牌人物500强》榜单，施一公排名第118位

 2022年7月，浙江省政府决定授予施一公院士浙江科技大奖

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