樊代明荣誉表彰时间荣誉表彰授予单位1991年全国做出突出贡献的中国博士学位获得者国务院学位委员会1992年中国青年科技奖中国科学技术协会1993年全国首届百名医学科技之星称号中华人民共和国卫生部1994年国家有突出贡献的中青年专家中华人民共和国人事部1996年中国青年科学家奖国家科委等八部委联合1996年首批科技金星中国人民解放军总后勤部1997年全国优秀共产党员中国共产党中央委员会组织部1998年求是实用工程奖中国科学技术协会2001年中国工程院院士中国工程院 2002年全军专业技术重大贡献奖2003年全国回国人员杰出成就奖2006年伯乐奖中国人民解放军总后勤部2010年度陕西省科学技术最高成就奖2010年一等功中国共产党中央军事委员会2010年何梁何利基金科学与技术进步奖何梁何利基金会2017年6月2016年度人物之杰出大学校长奖科学中国人 2019年9月世界消化病学大师奖（Master of World Gastroenterology Organisation, MWGO）世界消化病学会 法国医学科学院塞维亚奖全国优秀科技工作者

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