吴孔明荣誉表彰时间荣誉表彰授予单位1998年国务院政府特殊津贴中华人民共和国国务院1999年农业部有突出贡献中青年专家中华人民共和国农业部2006年第九届中国青年科技奖中央组织部，人事部，中国科协2010年全国优秀科技工作者中国科学技术协会2011年何梁何利基金科学与技术进步奖何梁何利基金会2011年中国工程院院士2012年第四届中华农业英才奖中华人民共和国农业部
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