钱穆创港中大1963年，香港政府意图在香港大学之外另外再成立一所大学，首先选定新亚书院、崇基学院、联合书院三校作为基本学院

对于此一动议，崇基与联合均表同意，而新亚的教师则多持异见

关于此事，钱穆为学生前途和新亚同人生计考虑，倾向于加入新大学

在钱穆支持下，香港政府特意从伦敦聘来富尔敦与三所学校进行磋商

关于首任校长人选，钱穆坚持认为应当由中国人担任，而富尔敦则认为应当由英国人担任，再由中国人继任，并认为这样安排比较切合实际情势

在钱穆的建议下，校名最终被定为“香港中文大学”

钱穆还坚持香港中文大学应以发扬中国文化、以中文为授课语言，对港中大的发展方向贡献良多

 成立香港中文大学当年新亚在三座书院中名声最大，港英政府十分倚重

钱穆提出的所有条件，几乎全被接受

除了校长由中国人担任，校名定为“中文大学”，他还与富尔敦约定，新亚研究所将成为香港中大“第一研究所”，并写入新大学创建法规中

 但香港中文大学成立后，校长李卓敏与钱穆的办学理念发生了明显分歧

钱穆一心想将西洋文化融入中国文化，办一所特殊的中文大学；而李卓敏则要办一个普通的中文大学

李卓敏到任后，新亚、崇基、联合三院院长每周开一次联席会议，如果遇到意见分歧，便举手表决，当场通过，没有机会再议

钱穆再也不能延续他秉持的“新亚精神”，再加上成员背景复杂，各方制衡，在一次次联席会议上，他离自己的办学理想，越来越远，一时引发议论

 加之钱穆专心致力于学术研究，而唐君毅和副院长吴俊升等人一门心思拉帮结派排挤钱穆，钱穆自从新亚书院决定参加新大学便萌生的去意更加强烈

大学既成半年之后，钱穆把自己的想法告诉了赵冰董事长，赵冰同意钱穆于1964年夏辞去新亚书院院长职务，但新亚董事会鉴于钱穆为新亚书院所作突出贡献，让钱穆在1965年正式辞职，1965年剩下的时间则为钱穆的休假之年

 1965年6月，钱穆正式辞去新亚书院校长之职，应聘马来亚大学任教

结束在香港办学16年的生涯

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