陈吉宁主要成就承担了多项国家重大专项、“973”攻关和省部级及国际合作项目，指导了20多名博士、硕士研究生，发表论文近140篇
2001年和2004年他先后主持了国家环保局“辽河流域‘十五’环境规划”和“全国面源污染控制政策框架与行动方案”
2000年至2005年主持或参与了国家科技部“滇池流域面源污染控制技术研究”和“污水回用技术、政策和规划研究”等重大研究工作
他是国际预测环境变化专家组成员、国际水协议程委员会委员，以及环境未来国际顾问委员会委员等多个国际专业学会和中国环境学会环境技术分会主任等多个国内学会的主任委员、副主任委员以及理事，是多个国内外学术期刊编委
1999获首届教育部高等学校优秀青年教师教学科研奖励计划
2001年和2005年两次获得清华大学研究生“良师益友”奖
《城市污水再生利用研究示范课题》被评为2003年全国十大建设科技成就
2004年获清华大学教学工作优秀成果一等奖
2005年中华人民共和国建设部华夏建设科学技术奖一等奖
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