韦巨源依附韦后二年（706年）二月，韦巨源在刑部尚书任上被再授同中书门下三品，中宗命他和韦皇后叙宗亲

进封舒国公

从此在朝中成为韦后党羽

三月，中宗婿光禄卿驸马都尉王同皎被控与洛阳人张仲之、祖延庆、武当丞周憬等谋反，计划杀韦后情人、武则天侄德静王武三思、废韦后

张仲之被讯问时，说武三思罪状，直称武三思和韦后通奸

负责参验其事的韦巨源和另一结连韦后的宰相侍中杨再思假装睡觉，不予理睬

景龙元年（707年），韦巨源为侍中、中书令

奉诏与唐休璟、李怀远、祝钦明、苏瑰等定《垂拱格》及《格后敕》，前后计二十卷，颁下施行

武三思先有实封数千户在贝州，当时遇到大水，刺史宋璟请求免租庸及封丁，韦巨源却以为庄稼虽然被淹没，还有蚕桑业可输租税，于是河朔户口颇多流散

景龙二年（708年）二月，传言韦后衣笥裙上有五色云，是吉兆，韦巨源请公布天下，中宗从之，并大赦

当时星坠如雷、野雉同叫之类的凶兆，韦巨源却不说，又见中宗昏惑，与左卫将军同中书门下三品宗楚客、吏部尚书同平章事郑愔、谏议大夫赵延禧等传播妖言祥瑞，秘密引导韦后效法武则天

景龙三年（709年）二月，韦巨源、杨再思分别被任为左、右仆射，仍旧监修国史

八月，中宗将祭祀长安南郊，国子祭酒祝钦明和国子司业郭山恽为奉承韦后，提议韦后为亚献，而太常博士唐绍、蒋钦绪、国子司业盐官褚无量则反对

韦巨源认可祝钦明所议，于是韦后为亚献

祝钦明起初建议中宗有权势的女儿安乐公主李裹儿为终献，但唐绍、蒋钦绪坚决反对，中宗最终以韦巨源为终献

四年二月，中宗驾幸梨园毯场，命文武三品以上蹴鞠、拔河

韦巨源和同僚宰相太子少师、同中书门下三品唐休璟因年老摔倒在地，长久不能起来

中宗、皇后、皇妃、公主们看了，大笑

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