贾耽屡乞骸骨永贞元年（805年），唐顺宗即位，贾耽转任左仆射，依前平章事，迁检校司空
贾耽厌恶王叔文一党当权，便托称有病，不再出门
贾耽的健康每况愈下，病疾日益严重，于三月二十一日、二十七日、五月二十日、七月二十日、八月八日、十月一日，他接连六次上表请求退职， 陈述“残年沈疗，渐不支持”，“顾兹朽质”，“枕席缠绵，形神消耗”， “大病之期，晦明难保”，“伏乞赐臣骸骨，收臣印绶”，“无任量力恳 迫之至”
可是，顺宗还没有批准
永贞元年（805年）十月一日（10月26日），贾耽于长安（今陕西西安）光福里的私宅中病逝，享年七十六岁
贾耽居相位13年
唐宪宗为其辍朝四日，册赠太傅，谥号“元靖”，赠绢一千匹、米粟一千石，葬于长安高阳原
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