阿瑟·麦克唐纳荣誉与奖章2006年，获颁加拿大勋章
2007年，与戸冢洋二共同荣获物理学的富兰克林奖章
2009年，膺选为英国皇家学会院士
2011年，获颁加拿大皇家学会的亨利·马歇尔·特洛伊奖章
2015年，由于“发现中微子震荡，并且因此证明中微子具有质量”，麦克唐纳与梶田隆章共获诺贝尔物理学奖
其后又分享了基础物理学突破奖
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