吴茂昆工作经历1982年-1984年，美国休士顿大学物理研究科学家；1982年-1986年，美国阿拉巴马大学物理系助理教授；1987年-1988年，美国阿拉巴马大学物理系教授

任教期间发现世界首例高于液态氮温度的超导体——钇钡铜氧超导体，因此被提名诺贝尔物理奖，从此声名大噪，被认为是超导体领域30年来最重要的先驱之一

吴茂昆团队的发现对日后超导体的科学与商业应用颇具影响；1988年-1993年，美国哥伦比亚大学应用物理系教授；1989年，吴茂昆应邀回台，任教于台湾清华大学物理学系，从事高温超导的研究；1989年-1993年，台湾清华大学客座教授；1994年-至今，台湾清华大学物理系教授；1992年-1995年，任台湾清华大学材料科学中心主任；1995年-1998年，任台湾清华大学研发会主任委员；2000年-2002年，任台湾“行政院国家科学会委员会”副主任委员；2002年-至今，任台湾“中央研究院”物理研究所所长；2004年，获选为美国国家科学院外籍院士，是台湾第一位获选美国国家科学院外籍院士的科学家；2004年5月-2006年1月，任台湾“行政院国家科学会委员会”主任委员；2011年10月，担任台湾东华大学第6任校长

11月17日获颁“总统科学奖”，这是台湾岛内学术界最高荣誉；2014年2月18日，吴茂昆率领研究团队新发现超导材料“铁硒化合物”的超导机制；2014年12月，台湾“监察委员”调查后认定吴茂昆利用职权为自己谋取额外薪酬和减少课时，应归还不当收益约一百七十万元（新台币）

台湾“教育部”表示将督导学校追回吴茂昆多领的经费；2018年4月16日，台湾当局行政管理机构记者会宣布由吴茂昆出任“教育部长”，4月19日交接上任

4月27日，“教育部”宣布驳回台大校长遴选结果，引起社会广泛抗议

5月29日，因个人相关争议影响，吴茂昆向行政管理机构请辞获准，任期仅40日，是目前台湾任期最短的“教育部长”；2018年7月3日，台湾“监察院”以13比0的票数，通过弹劾前“教育部长”吴茂昆，理由是他在东华大学校长任内投资成立公司，违反兼职规定；并且将学校的研发成果转给自己公司去申请国际专利，涉及图利

吴茂昆也成为第一个被“监委”们具名弹劾的官员

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