马力耕主要课题973项目课题组长（2012-2016）国家重大科学研究计划项目子课题负责人（2012-2016）国家杰出青年基金项目Human Frontier Science Program资助项目（Long-term fellow, 2001-2004年，共15万美元
这是一个面向全球生命科学领域青年科学家的项目，每年全球植物生物学领域获得资助的项目大约4项）2005年回国后主持两项国家863重大专项课题（2005-2007年共1000万元；2008-2010年850万元）
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