北京大学学报（自然科学版）影响因子据2018年11月17日中国知网显示，《北京大学学报（自然科学版）》总被下载1256404次、总被引53423次；（2018版）复合影响因子为1.613、（2018版）综合影响因子为0.993
据2018年11月17日万方数据知识服务平台显示，《北京大学学报（自然科学版）》被引量为27917、下载量为86339；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《北京大学学报（自然科学版）》影响因子为0.785，在全部统计源期刊（6735种）中排第1591名，大学学报（自然科学）（269种）中排第20名
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