私立南通大学科系设置1930年前，南通学院所设农、医、纺织三科均为三所专业性大学；1930年后，三所大学演变成三科，各科设科长1人掌理科务，并任该科科务会议主席；每科分设若干学系（按不同专业设立不同的学系），每系设系主任1人，襄助科长处理系务
根据1946年的资料，科系设置为： 1946年南通学院科系设置各科学系备注农科农艺系、农艺化学系、畜牧兽医系、农业经济系农艺系为早期棉作、农垦二系合一
农艺系、农艺化学系、畜牧兽医系（兽医专业学制五年）、农业经济系均四年制
医科恢复办学后不分系早期分西医科、中医科，后中医科停办
1946年恢复办学后为六年制，1950年起改为五年制
纺织科纺织工程系、染化工程系均四年制
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