私立南通农科大学抗日战争期间1937年8月，南通遭到日本战机狂轰滥炸，南通学院被迫停课
1938年，在多方支持之下，南通学院的农科与纺科迁到了上海的江西路45号复课，后来又迁至上海重庆路办学
医科则随军移至湖南源陵，与江苏省立医政学院合并组建“国立江苏医学院”，1939年，医科迁至重庆北碚，后辗转多地
1942年，部分师生迁到新四军淮南根据地桐城镇办学，而在南通学院本部，日本侵略者把学生实习的机器都砸了，但学校留守人员依然用学生宿舍办了高职班
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