1898年9月24日，刚毅奉太后谕令开始搜捕四军机章京等变法份子
杨锐、林旭当日被捕
刘光第投案自首
杨深秀因诘问慈禧太后为何罢黜光绪帝，在闻喜会馆住处被捕
1898年9月25日，谭嗣同在浏阳会馆被捕
1898年9月28日，在北京菜市口将谭嗣同、杨锐、刘光第、林旭、杨深秀、康广仁六人杀害；徐致靖处以永远监禁；张荫桓被遣戍新疆
所有新政措施，除7月开办的京师大学堂（今北京大学）外，全部都被废止
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