中国社会科学院日本研究所机构设置日本研究所由日本政治、日本外交、日本经济、日本社会、日本文化等五个研究室和《日本学刊》部、网络资料室、综合办公室构成
日本研究所设置日本政治研究中心、中日关系研究中心、中日经济研究中心、中日社会文化研究中心等四个非实体跨所研究机构，代管中华日本学会和全国日本经济学会等两个全国性日本研究学术团体
日本研究所履行中国社会科学院研究生院日本学系职责，招收和培养当代日本研究的硕士生和博士生；设立当代日本研究博士后流动站，为中国的当代日本研究领域培养和输送人才
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