中国生理学会机构设置据2018年4月学会官网显示，学会下设16个专业委员会，10个工作委员会
专业委员会：应用生理学专业委员会、转化神经科学专业委员会、内分泌代谢专业委员会、中医院校生理学专业委员会、比较生理学专业委员会、运动生理学专业委员会、呼吸生理专业委员会、循环生理专业委员会、肾脏生理专业委员会、应激生理学专业委员会、血液生理专业委员会、消化与营养生理专业委员会、疼痛转化研究专业委员会、生殖科学专业委员会、体适能研究专业委员会、基质生物学专业委员会工作委员会：组织工作委员会、学术工作委员会、外事工作委员会、科普工作委员会、教育工作委员会、继续教育工作委员会、青年工作委员会、开发、仪器工作委员会、基金工作委员会、张锡钧基金委员会
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