中国水力发电工程学会组织机构学会最高权力机构是全国会员代表大会 ,每五年举行一次,理事会是全国会员代表大会闭幕期间的执行机构;学会设立常务理事会,常务理事由理事会选举产生;常务理事会由理事长、副理事长、秘书长及常务理事若干名组成,理事长为学会法定代表人
学会的办事机构为秘书处,目前挂靠于中国水电工程顾问集团公司
目前,中国水力发电工程学会组织设有:⑴30个专业委员会(水能规划及动能经济,水库,环境保护,水文泥沙,地质及勘探,水工及水电站建筑物,水工水力学,高坝通航工程,碾压混凝土筑坝,混凝土面板堆石坝,水工金属结构,水力机械,电气,自动化,继电保护,施工,工程造价,信息化,水电站运行管理,电网调峰与抽水蓄能,大坝安全监测,水电控制设备,抗震防灾,电力系统自动化,梯级调度控制,机械疏浚,小水电,水电监理,水电建设管理,风险管理等);⑵1个工作委员会(国际河流水电开发生态环境研究工作委员会)⑶学会秘书处设有综合管理部、学术交流部、科普信息部和年鉴部等4个部门
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