中国微生物学会机构设置代表大会学会最高权力机构是全国会员代表大会

全国会员代表大会每届5年，因特殊情况需提前或延期换届的，须由理事会表决通过，报业务主管单位审查，并经社团登记管理机关批准

延期换届最长不超过1年

全国会员代表大会的职权是：一、制定和修改章程；二、选举和罢免理事；三、审议理事会的工作报告和财务报告；四、制定和修改会费标准；五、决定终止事宜；六、决定其他重大事宜

执行机构理事会是全国会员代表大会的执行机构，在全国会员代表大会闭幕期间领导学会开展日常工作，对全国会员代表大会负责

理事会会议每年至少举行一次，须有三分之二以上的理事出席方能召开，情况特殊的，可采取通讯形式召开

理事会的职责是：一、执行全国会员代表大会决议；二、选举和罢免理事长、副理事长、秘书长、常务理事；三、筹备召开全国会员代表大会；四、向全国会员代表大会报告工作和财务状况；五、决定会员的吸收和除名；六、决定办事机构、分支机构、代表机构和实体机构的设立、变更和注销；七、决定副秘书长、各机构主要负责人的聘任；八、领导学会各机构开展工作；九、制定内部管理制度；十、决定奖励和表彰事宜；十一、决定其他重大事项

 分支机构据2019年1月中国微生物学会官网显示，学会有22个专业委员会和6个工作委员会

 中国微生物学会分支机构　专业委员会普通微生物学专业委员会分析微生物学专业委员会工业微生物学专业委员会生化过程模型化与控制专业委员会农业微生物学专业委员会环境微生物学专业委员会医学微生物学与免疫学专业委员会干扰素与细胞因子专业委员会兽医微生物学专业委员会酿造分会真菌学专业委员会微生物毒素专业委员会病毒学专业委员会海洋微生物学专业委员会人兽共患病病原学专业委员会微生物资源专业委员会分子微生物学及生物工程专业委员会临床微生物学专业委员会生物制品专业委员会微生物生物安全专业委员会酶工程专业委员会地质微生物学专业委员会工作委员会组织工作委员会科技开发与咨询工作委员会国际交流工作委员会出版工作委员会微生物教学工作委员会科学普及工作委员会

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