新疆维吾尔自治区科学技术协会机构设置新疆科协内设11个部门：办公室、组织人事部、计划财务部、调研宣传部、学会学术部（国际部）、科学技术普及部、科学素质办公室、常委办公室、老干处、机关党委，反邪教协会
下设8个事业单位：科技馆、科普活动中心、咨询服务中心、科普杂志社、国际民间交流中心、后勤服务中心、少数民族科普工作队、信息中心
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