伦敦皇家自然知识促进学会前期孕育皇家学会一开始是一个约12名科学家的小团体，当时称作无形学院
他们会在许多地方聚会，包括成员们的住所以及格雷沙姆学院
其中知名的成员有约翰·威尔金斯（John Wilkins）、乔纳森·戈达德（Jonathan Goddard）、罗伯特·胡克、克里斯多佛·雷恩、威廉·配第和罗伯特·波义耳
约1645年之时，他们曾聚在一起探讨弗兰西斯·培根在《新亚特兰提斯》中所提出的新科学
最初这个团体并没有立下任何规定，目的只是集合大家一起研究实验并交流讨论各自的发现
团体随着时间改变，在1638年由于旅行距离上的因素分裂成了两个社群：伦敦学会与牛津学会
因为许多学院人士住在牛津，牛津学会相较之下较为活跃
一度成立了“牛津哲学学会”，并明订了许多规则，如今这些规则纪录仍保存在博德利图书馆
伦敦学会依然于格雷沙姆学院聚会讨论
与会成员在这个时期也逐渐增加
在护国主克伦威尔时期的军事独裁下，1658年学会被迫解散
在查理二世复辟后，学会才继续于格雷沙姆学院重新运作
普遍认为，这个团体鼓舞了后来皇家学会的建立
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