湖泊科学影响因子据2018年4月中国知网显示，《湖泊科学》被总下载871987次、总被引55704次、（2017版）复合影响因子为2.027、（2017版）综合影响因子为1.437
据2018年4月万方数据知识服务平台显示，《湖泊科学》被引量为37533、下载量为85495
2015年影响因子为1.439，在全部统计源期刊（6735种）中排名第464名，在天文学、地球科学（226种）中排名第43名
根据中国科学技术信息研究所 2017年10月公布的 2016年度中国科技期刊引证报告（核心版） , 《湖泊科学》综合评价总分排名水文学、海洋科学类第一；其中， 影响因子为1.247（水文学、海洋科学类第一） ，总被引频次达2416 次（水文学、海洋科学类第一）
据中国科学引文数据库（ CSCD ）2016年10月公布的统计数据，《湖泊科学》的影响因子为1.1417，总被引频次2048次
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