上海市吴淞中学所获荣誉学校连续十三次荣获上海市文明单位称号、荣获第一批全国学校体育工作示范学校、第一批全国国防教育示范学校、全国创新教育特色学校、上海市依法治校示范单位、上海市科技教育示范校、上海市艺术教育特色学校、上海市级体育传统项目学校等荣誉称号
被上海市教育综合改革办公室和上海市教委评为“上海市教育综合改革典型案例”，2017年上海市基础教学成果奖评选荣获两项一等奖、一项二等奖
2021年11月23日，被教育部办公厅认定为第三批全国中小学中华优秀传统文化传承学校
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