上海南汇中学发展阶段1993年开始停办初中，成为县重点高级中学
南汇县委县政府从1996年开始对南汇中学进行了大规模的改造，建设了科技楼、艺术教育楼、400米标准跑道等
香港同胞王佰生也给于学校很大帮助，完成学校大门南迁的工作，1997年学校新大门落成，请著名科学家钱伟长提写了‘上海南汇中学’的校名，从此学校正式启用了“上海南汇中学”的校名
在县委县政府的支持下，经过几年的准备，2000年9月学校向上海市教育委员会正式提交了创建上海市实验性示范性高级中学的规划
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