独立中学办学特色在办学上，独立中学强调马来西亚华人母语（华语）教学的优势外，也列马来语和英语为必修必考科目，要求学生掌握三种语文基础
在教育观点上，推崇 “德、智、体、群、美”五育并重
独立中学的学制与美国、苏格兰、中国大陆、中国台湾、日本等地相似，为六年中等教育，以三年初中、三年高中两阶段完成
此外，大部分独立中学实施留级制度，学生成绩若未达校方所设标准，便不得升班
在教材方面，独立中学采用的是“董教总全国发展华文独立中学工作委员会”所编纂的高、初中统一课本
课本是根据上述委员会拟订的课程纲要，配合马来西亚教育部所颁发的课程纲要而编纂，以符合独立中学办学方针
近年来有条件的独中也开办技职教育班，例如电工、家具木工、机械、汽车维修、纺织等，以突显独中办学的多面性
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