曼哈顿计划原子能法令1946年7月，在原子弹研制成功一周年之际，美国参、众两院经过激烈的争论，通过了一项由参议员麦克马洪提出的议案

杜鲁门于8月1日签署命令，提案开始正式生效，这就是《1946年原子能法令》

它标志着美国战时核计划的结束和新的过渡时期的开始，也成为和平时期整个美国原子能发展的指导纲领

《1946年原子能法令》正式生效后，格罗夫斯领导的曼哈顿工程在国会和政府的同意下，继续支撑着整个核计划

当美国新的原子能委员会组成后，杜鲁门决定在1946年的最后一天晚上12点，将原曼哈顿工程的全部财产和权力移交给原子能委员会，从而正式开始了一个新的过渡时期

原子能委员会设有四个部：研究部，它控制一切与原子能有关的研究；生产部，它拥有并控制一切生产裂变材料和原子能的设施，组织核裂变材料的生产；工程部，它指导一切与原子能发展有关的设备和工程；军事应用部，它处理与军备有关的原子能事项

原子能委员会总部也从橡树岭迁到了华盛顿

后来，美国政府决定建立国家实验室，其中最著名的有芝加哥附近的阿贡国家实验室和纽约长岛的布鲁克海文国家实验室(BNL)

这两个实验室为高能物理的发展做出了贡献，特别是丁肇中教授，就是于1974年利用布鲁克海文实验室的加速器AGS发现J粒子的，并因此获得诺贝尔物理学奖

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