农业系统工程方法一般的步骤是：明确问题,选择评价目标,系统综合(形成可能的系统方案),系统分析,系统选择，并确定最优化方案，决策和确定实施方案
其中，系统分析即通过建立模型，估计各备选系统可能达到的效果，并加以比较，是关键性的一步
模型可分为图式模型和数学模型
图式模型用以说明农业系统中各个因子之间的相互联系和制约，是系统地认识问题和进一步建立数学模型的基础
数学模型是以数学方程式表明系统的目标及各因素间的相互关系，用以对各种自然现象和社会现象进行模拟，可借助电子计算机求解，迅速便捷地求出各因子或现象之间的因果关系，对系统进行深入的定量研究
从而为探索事物的发展规律，预测可能发生的结果
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