北京生物医学工程影响因子据2019年3月1日中国知网显示，《北京生物医学工程》总被下载340534次、总被引15319次；（2018版）复合影响因子为0.467、（2018版）综合影响因子为0.292
据2019年3月1日万方数据知识服务平台显示，《北京生物医学工程》被引量为11487次、下载量为120456次；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《北京生物医学工程》影响因子为0.47，在全部统计源期刊（6735种）中排第3026名，在基础医学（77种）中排第57名
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