中国证券登记结算有限责任公司部门职能总部综合管理部负责公司总部的办公行政、文秘、人事劳资、党群、外事、宣传、后勤、保密等工作

总部登记托管部负责公司证券登记、存管业务的组织、协调等工作

总部结算部负责公司证券结算业务的组织、协调、结算风险防范等工作

总部业务发展部负责公司登记结算新业务、新模式的研究、开发等工作

总部技术开发部负责组织公司各项业务技术系统的建设、各项业务技术项目的开发工作

总部系统运行部负责公司总部各技术系统的运行、公司业务数据的技术管理及网络与通讯线路的管理

总部财务部负责公司财务预算、决算、财务分析和总部的财务等工作

总部法规事务部负责公司法律事务的组织、协调等工作

总部基金业务部负责公司开放式基金账户注册、登记结算业务活动

上海分公司为上海证券市场提供日常证券登记、存管与结算服务，设有发行人登记部、投资人登记部、结算管理部、交收部、技术开发部、系统运行部、综合管理部、法律部、财务部等职能部门，并设立了相对独立的风险管理委员会和技术委员会

深圳分公司为深圳证券市场提供日常证券登记、存管与结算服务，设有登记存管部、账户管理及客户服务部、资金交收部、国际结算部、系统运行部、电脑工程部、法律部、综合部及财务部等职能部门，并设立了相对独立的风险管理委员会

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