DNA计算机水平限制不过，由于受目前生物技术水平的限制，DNA计算过程中，前期DNA分子链的创造和后期DNA分子链的挑选，要耗费相当的工作量
比如，阿德勒曼的“试管电脑”在几秒钟内就得出结果，但是他却花掉数周的时间去挑选正确的结果
还有，如果实验中城市数目增加到200个，那么计算所需的DNA重量将会超过地球的重量
而且数以亿计的DNA分子非常复杂，在反应过程中很容易发生变质和损伤，甚至试管壁吸附残留都可能发生致命错误
因此，DNA计算机真正进入现实生活尚需时日
当前，世界许多国家包括我国的科学家正在积极克服和解决上述难题，预计10至20年后，DNA计算机将进入实用阶段
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