美国联邦应急管理局历任局长约翰-马斯被任命联邦应急管理局的第一任局长

马斯指出，突发的自然灾害的防御和城市治安防御具有相似之处

因此，联邦应急管理局开始发展综合防灾管理系统，它包括与灾害相关的指导系统、控制系统和预警系统，这个防灾管理系统的处理范围包括了从小型事件到突发战争的各种灾难

成立之初，联邦应急管理局面临着种种困难，特别是在处理一些复杂的突发事件上遇到的困难更多

早期遇到的灾害和突发事件有：罗乌运河遭到污染，古巴难民危机和三里岛核电站事故等

后来遇到的事件有：1989年洛马普勒特发生地震，1992年安德鲁地区遭受暴风袭击等

所有处理这些灾难的任务都落到了联邦应急管理局的头上

1993年，美国总统克林顿任命詹姆斯-威特为新一任联邦应急管理局局长

威特以前作为政府官员处理过一些突发事件，因此他是第一个具有实际经验的联邦应急管理局局长

他进行了大规模的改革，使处理灾害和灾后重建的效率大为提高，同时他强调对灾害进行预防和减缓，而且采取集中办公的方式为难民服务

冷战结束后，威特有机会将联邦应急管理局用于战争防御的资源转移到灾害的防御和重建工作中来

2001年，美国总统乔治-布什任命乔-阿巴赫为联邦应急管理局局长

几个月以后，恐怖分子制造了9.11事件，在国家防御和公共安全上给联邦应急管理局带来了空前的考验

联邦应急管理局协助新成立的国家安全办公室处理紧急事务，而联邦应急管理局防御办公室也增加了新的任务，他们需要对突发事件进行应急反映和对大规模的杀伤性武器进行处理

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