蛋白质组研究蛋白质功能确定如分析酶活性和确定酶底物，细胞因子的生物分析/配基-受体结合分析
可以利用基因敲除和反义技术分析基因表达产物-蛋白质的功能
另外对蛋白质表达出来后在细胞内的定位研究也在一定程度上有助于蛋白质功能的了解
Clontech的荧光蛋白表达系统就是研究蛋白质在细胞内定位的一个很好的工具
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