美国地质勘探局组织机构100多年来，为满足经济社会快速发展的需要，其组织机构先后经历过多次适应性变动与调整，并派生出美国政府许多其他机构，如美国复垦局（1902）、美国矿业局（1910）、联邦动力委员会（1920）、美国牧业局（1934）、美国矿管局（1982）
1982年，USGS进行了大规模机构调整，全局1/4的职工和经费转移到新建的矿产管理局，撤销了土地和矿产保护处、地学应用处，成立了信息系统处和USGS信息系统委员会
1995年，USGS经历了生存危机，险些被撤销
1996年，内政部国家生物调查所并入USGS
USGS设有生物处、地理处、地质处和水资源处4个业务处和预算办公室、联络办公室、地理信息办公室、行政政策与服务办公室和人力资源办公室5个行政管理部门
USGS总部设在弗吉尼亚州雷斯敦，还在科罗拉多州丹佛和加利福尼亚州门洛帕克设立中、西部两个办事处（中部中心和西部中心），在各州和部分国家设立了近400个办事处
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