算法交易问题进展更复杂的模型和智能程序已经引出了模型会否失效的问题

有人批评算法交易系统的“黑匣子”特性：“交易员有世界如何运转的直觉

但是对这些系统你输入一串数字，然后从另一端出来一些结果，而黑匣子为什么会产生这些数据或关系，确并不那么直观或清晰

”英国的金融服务管理局（Financial Services Authority, FSA）一直在关注着算法交易的发展

在该机构年报上，监管层强调这项新科技给市场带来的巨大功效，但同时也指出，对复杂的技术和模型的依赖性越强，系统失效导致业务中断的风险会越大

其他的问题包括报价传递给交易员的技术延迟或延误问题，安全问题和超前交易（Front Running），以及全部系统失效导致市场崩盘的可能性

开发和维护算法的成本还是相对较高，对市场新入者而言尤其如此，这是由于算法交易对系统的稳定性、网络带宽和速度的要求比常规的下单指令执行要高很多

没有自行开发算法交易的公司不得不从竞争对手手中购买

高盛公司在算法交易上花了数千万美金，他们技术部门的人员比交易部门还要多……市场的性质已经发生了巨大的改变

如今金融市场的信息已被诸如路透、道琼斯、彭博、汤姆逊金融等公司格式化，通过算法的解读来形成交易

计算机被用来生产消息，譬如公司公布盈利结果或公布经济统计数据，这些消息几乎在瞬间同步直接传输给其它计算机，由它们根据消息进行交易

交易算法并不仅仅是根据简单的消息进行交易，它还能翻译更难理解的消息

一些公司还试图对消息自动“设置表情”（以表示该消息是好是坏），这样的话自动交易就可以直接根据消息进行了

“将消息从人类语言翻译到机器语言这一进程实在很有意义，”路透算法交易全球业务经理克里斯蒂．苏塔尼说，“我们越来越多的顾客发现了利用消息赚钱的途径”

消息报道的速度对算法交易的重要性不言而喻，在一例广告宣传中（2008年3月1日的《华尔街日报》W15版面刊登），道琼斯声称自己在报道英格兰银行降息时比其他新闻媒体快了2秒钟

2007年7月，早已自行开发算法交易的花旗集团，花了6.8亿美元购买了自动化交易平台，它原来属于一家每天交易约2亿股（占美国市场交易量的6%）股票的具有19年历史的公司

在这以前花旗集团还购买过Lava交易与OnTrade有限公司

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