工业和信息化部高校联盟秘书处理事会下设秘书处，暂设在哈尔滨工业大学
秘书处为联盟日常办事机构，设秘书长1名、副秘书长2名（哈工大、轮值高校各1名），秘书处成员由各联盟高校党政办公室领导人员及各工作联盟负责人组成，人选名单须经理事会会议通过
秘书处的主要职责包括：（一）理事会决策事项的督促检查；（二）联盟日常事务的综合协调；（三）协调各专项工作联盟开展合作；（四）联盟的其他日常工作
同时各联盟高校指派一名工作联系人，在秘书处的领导下进行具体事务的处理
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