医学信息学杂志影响因子据2019年7月7日中国知网显示，《医学信息学杂志》总下载671972次、总被引20200次，（2018版）复合影响因子为0.752、（2018版）综合影响因子为0.615
据2019年7月7日万方数据知识服务平台显示，《医学信息学杂志》被引量为15065次、下载量为135199次；2015年影响因子为1.34，在全部统计源期刊（6735种）中排第1931名，在医学卫生总论，图书情报档案，教科文艺类刊（1232种）中排第531名
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