高层大气与电离层耦合大气波动驱动电离层变化时涉及到大气层-电离层系统的垂直耦合，是近年来高层大气物理学研究中颇受关注的领域
高层大气与电离层之间的耦合形式有：（1）MLT区域的大气波动与附近的低电离层相互作用，如通过风剪切导致中纬电离层E层（其高度与MLT区域有重叠）的金属离子电荷堆积形成突发E层等不均匀体；（2）MLT大气波动的能量继续上传（或泄漏）到上热层/电离层F2层，通过中性粒子与带电粒子的碰撞激发电离层等离子体密度的波动起伏，同时在低纬和赤道区触发等离子体不稳定而产生电离层不均匀体；（3）在中、低纬地区，MLT大气波动驱动带电粒子运动，切割背景磁场的磁力线，通过发电机效应产生电离层电场，并沿磁力线映射到低纬或赤道上空的F2层，引起等离子体漂移，导致赤道异常等大尺度电离层不均匀分布
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