国家海洋局南海分局组织编制国家海洋局南海分局机关内设12个职能处室，另有直辖15个正处级单位；中国海监南海总队内设4个职能处室，直辖中国海监第七、第八、第九、第十支队 以及陆航执法监察队
截止2012年11月，南海分局有职工1421（编制1790人）人，其中科技人员614多人，船员365人
拥有海洋水文、化学、地质、气象、生物、遥测浮标、海洋计量检定、海洋环境质量评价、海洋信息服务等专业队伍，并有遍布在两广的沿海观测站网和遥测海洋环境数据的浮标网，装备比较先进的中国海监第七、第八支队拥有11艘集海洋执法和科研调查为一体的执法和科研调查船只
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