蛋白质数据库坐标章节坐标章节主要记录了原子的坐标，相关的记录有：ATOM、HETATM、MODEL与ENDMDL

ATOM记录按照从氨基到羧基的顺序给出标准氨基酸残基的各组成元素的空间坐标，从生物化学角度，我们可以对标准氨基酸残基空间结构中的各原子间的连接情况进行描述

以在ATOM记录中位于肽链第1位的标准氨基酸残基ALA为例：ALA残基中所包含的元素及其排列序号为1N2CA3C4O5CB

其中：2CA中的A=alpha(α)；5CB中的B=beta(β)

通过以上描述，确定了单个残基的空间位置及各原子相互关系

根据肽链中相邻2个残基发生脱水缩合形成肽键及稳定的肽平面这一性质，我们可以确定1级结构中相邻的2个氨基酸残基间的关系，具体描述为前1个残基结构中的碳原子(CA)与后1个残基结构中的氮原子(N)间形成肽平面，以此类推，就会描绘出1级结构中各个相邻残基间的关系

在1G3P文件中，有关第1个残基ALA的ATOM记录为：ATOM 1 N ALA 1 -10.684 7.361 121. 696 1. 00 17.19 NATOM 2 CA ALA 1 -10.459 8.273 120. 534 1. 00 16.43 CATOM 2 CA ALA 1 -10.459 8.273 120. 534 1. 00 16.43 CATOM 3 C ALA 1 -10.360 9.687 121. 079 1. 00 16.06 CATOM 4 O ALA 1 -10.826 9.967 122. 195 1. 00 16.83 OATOM 5 CB ALA 1 -11.607 8.170 119. 558 1. 00 16.89 C“ATOM”为记录名称，上例第1条记录描述了残基ALA中的氮元素(N)的x、y、z坐标值分别为-10.684、7.361和121.696，所占空间为1.00，温度系数为17.19，元素符号为N，其他ATOM记录针对残基ALA包含的其他元素进行了描述

在1G3P文件中用同样方法描述出其余217个处于不同空间位置的氨基酸残基的原子坐标

HETATM记录描述了组成非标准氨基酸残基的元素(非标准氨基酸残基名称已在HET记录中给出定义)的空间位置坐标

它的记录方式与ATOM记录一致

TER记录标记出ATOM记录的终止位

MASTER记录是对以上各记录的总结

下例中所列数字分别代表了记录REMARK、“0”、HET、HELIX、SHEET、TURN、SITE、坐标变换、原子记录、TER、CONECT、SEQRES的记录总数

例：MASTER25802213006188912817END记录表明了文章的结束，记录格式为END

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