哈尔滨工程大学设有16个院系，包括船舶工程学院、动力与能源工程学院、航天与建筑工程学院、机电工程学院、材料科学与化学工程学院、计算机科学与技术学院、信息与通信工程学院、经济与管理学院、理学院、外国语学院、国际合作教育学院、继续教育学院、体育部和思政理论课教学科研部等。

这些院系涵盖了工、理、管、文等多个学科领域，具体专业设置如下：

船舶工程学院：船舶与海洋工程、海洋工程与技术等专业；

动力与能源工程学院：轮机工程、能源工程及自动化等专业；

航天与建筑工程学院：航天工程、飞行器设计与工程、航空航天工程等专业；

机电工程学院：机械设计制造及其自动化、工业设计等专业；

材料科学与化学工程学院：材料科学与工程、化学工程与工艺等专业；

计算机科学与技术学院：计算机科学与技术、软件工程等专业；

信息与通信工程学院：通信工程、电子信息工程专业；

经济与管理学院：经济学、工商管理等专业；

理学院：数学与应用数学、物理学等专业；

外国语学院：英语、日语等专业；

国际合作教育学院：与国外高校合作开展的本科教育项目；

继续教育学院：成人高等教育；

体育部：体育教育专业；

思政理论课教学科研部：马克思主义理论专业。

哈尔滨工程大学院系设置多样，专业覆盖面广，培养了各类高级工程技术人才和管理人才，为国家和地方的经济建设和社会发展做出了重要贡献。

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