哈尔滨工程大学历任领导如下：

中国人民解放军军事工程学院时期

陈赓：院长、政委（1953.9-1958.1）

陈赓：院长（1958.1-1961.3）

谢有法：政委（1958.1-1966.4）

刘居英：院长（1961.7-1966.4）

哈尔滨工程学院时期

刘居英：党委书记、院长（1966.4-1970.8）

哈尔滨船舶工程学院时期

林毅：党的核心小组第一副组长（1971.11-1974.12）

筹建领导小组组长（1971.9-1974.12）

卓明：党委书记、学校领导小组（行政）组长（1975.5-1983.6）

冯仲云：校长（1980.2-1983.6）

哈尔滨船舶工程学院时期

邓三瑞：院长（1983.6-1987.6）

黄绍：党委书记（1987.6-1991.5）

陈大炎：党委书记（1991.5-1995.3）

吴德铭：院长（1988.10-1994.5）

钱秋珊：党委书记（1984.12-1987.6）

院长（1987.6-1988.10）

哈尔滨工程大学时期

吴德铭：校长（1994.5-1997.12）

邱长华：党委副书记（主持工作）（1995.3-1996.6）

党委书记（1996.6-1999.8）

校长（1997.12-2004.6）

王树权：党委书记（2004.06-2008.2）

刘志刚：党委书记（1999.08-2004.06）

校长（2004.04-2015.04）

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