南京大学建国初期国立南京大学1949年5月7日，南京市军管会主任刘伯承、副主任宋任穷派员接管国立中央大学

8月8日，国立中央大学更名为国立南京大学，12日成立国立南京大学校务委员会，梁希为主席

  南京大学1950年10月10日，接华东军政委员会教育部通知，校名去 “国立”两字而径称“南京大学”

校长周鸿经去职，梁希担任校务委员会主席

1951年7月，南京大学改校务委员会制为校长制，潘菽任校长

这一阶段，学校根据“维持原有学校，逐步进行改善”的工作方针，通过一系列积极稳妥的改革，确立了社会主义办学方向，明确了教学与科研相结合的方针和民主集中制的领导体制，为日后的发展奠定了基础

1952年7月进行院系调整，南京大学调整出工学、农学、师范等院系成立南京工学院、南京农学院、南京师范学院等院校以及组建有关院校相关系科；保留文、理学院，主要并入金陵大学文、理学院，校址从四牌楼2号迁至鼓楼原金陵大学校址，成为文理综合性大学

  1956年12月，潘菽率心理系师生迁到北京组建中国科学院心理研究所，次年郭影秋接任校长，1963年匡亚明任校长

1966年文革爆发，教学工作受到破坏，本科生停止招生6年，研究生停止招生12年；当时南京大学以被称为曾是“国民党反动派的高等学府”、“国民党的文化中心”等理由而受到特别的冲击

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