南京大学的科研基地数量众多，以下是部分科研基地：
国家实验室（筹）：1个
国家重点实验室：7个
国家工程技术研究中心：1个
国家科技资源共享服务平台：1个
国家应用数学中心：1个
野外科学观测研究站：1个
国家级2011协同创新中心：2个
教育部人文社会科学重点研究基地：4个
教育部人文社会科学重点实验室（培育）：1个
国家高端智库建设培育单位：1个
省部级科研平台：80余个
此外，还有固体微结构物理国家重点实验室、计算机软件新技术国家重点实验室、现代配位化学国家重点实验室、医药生物技术国家重点实验室、生命分析化学国家重点实验室（与同济大学合建）、污染控制与资源化研究国家重点实验室（与同济大学合建）、内生金属矿床成矿机制研究国家重点实验室、地球科学与工程学院、国家遗传工程小鼠资源库、模式动物研究所、国家发展改革委国家地方联合工程研究中心、半导体节能器件及材料国家地方联合工程研究中心、电子科学与工程学院、国家级2011协同创新中心、中国南海研究协同创新中心等。
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