北京协和医学院新中国时期1949年，北平解放，因协和自身的特殊原因并没有被新中国立即接管

学校的美国职员回国述职

1950年，协和医学院和护校均招收二十五名学生

1951年1月20日，协和医学院、协和医院由中央人民政府教育部和卫生部接管，协和医学院更名为“中国协和医学院”，同时，中国医院与协和医院合并，定名为“北京协和医院”

1952年，划归中共中央军委卫生部领导并取消护校教学管理制度

1953年，学校停止招生

1957年11月，卫生部正式通知，中国协和医学院与中国医学科学院合并，称中国医学科学院，附属医院称北京协和医院，直接受中国医学科学院领导

同年，张孝骞向中央上书，建议恢复协和长学制的医学生教育

直至1959年，张孝骞提出“普及与提高相结合”，张孝骞的教育思想才逐步为人们所接受

1959年，以原协和医学院为基础，恢复了八年制的医学院，命名为“中国医科大学”

卫生部委托医科院党委负责筹建和领导，提出一个特殊的领导体制：一个领导班子（党委），一套组织机构，两块牌子，两个任务（简称“一一二二”）

1966年，发生文化大革命，致使教学停止

1970年，学校奉命停办

1976年，文化大革命结束，张孝骞等人作为积极推动者，提议恢复协和医大

1979年7月，国务院批准再次复校，并列为全国重点大学之一，改名为“中国首都医科大学”

学制仍为八年，前两年半为预科，在北京大学生物系学习自然科学课程，后五年半为医本科

1980年，学校与美国的洛氏驻华医社在中断长达二十八年后重新建立联系，并拨款一百五十万美元支持学校发展

1985年6月5日，学校改名为中国协和医科大学

1996年10月，顺利通过国务院学位办对33所研究生院的合格评估并正式挂牌

 2006年9月5日，教育部和卫生部共建北京协和医学院（清华大学医学部）大会暨揭牌仪式在人民大会堂举行，中国协和医科大学正式更名为北京协和医学院（清华大学医学部）

 2017年9月，北京协和医学院入选国家“双一流”建设高校

 2021年12月26日，北京协和医学院马克思主义学院揭牌成立

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