北京协和医学院科研平台据2020年9月学校官网显示，院校拥有5个国家级重点实验室、10个部委级重点实验室、17个国家级研究基地和中心、10个世界卫生组织合作中心、19个研究所
部分科研平台平台级别平台名称国家级重点实验室心血管疾病国家重点实验室医学分子生物学国家重点实验室分子肿瘤学国家重点实验室实验血液学国家重点实验室天然药物活性物质与功能国家重点实验室国家级研究中心国家药物及代谢产物分析研究中心国家新药开发工程技术研究中心中国药学微生物菌种保藏管理中心北京市重点实验室活性物质发现与适药化研究北京市重点实验室药物靶点研究与新药筛选北京市重点实验室药物传输技术及新型制剂北京市重点实验室新药作用机制研究与药效评价北京市重点实验室晶型药物研究北京市重点实验室创新药物非临床药物代谢及PK/PD研究北京市重点实验室抗感染药物研究北京市重点实验室详情见：
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